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scATAC-seq
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1、2015 年,斯坦福大學 William Greenleaf 和 Howard Y Chang 繼續發力,通過將 ATAC-seq 結合微流控技術,推出了升級版本單細胞 ATAC-seq(scATAC-seq),文章發表于 Nature


在 scATAC-seq 中,通過一個程序化的微流控平臺捕獲單個細胞,隨后在一個整合的流體學集成環路(integrated fluidics circuit,IFC)上進行轉座酶切和 PCR,回收文庫,并通過帶有 barcode 的引物進行 PCR 擴增;隨后將單細胞的文庫混合并進行高通量測序。

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圖 scATAC-seq實驗流程

2、目前單細胞測序最常用的平臺為 10x Genomics。2019 年 3 月,嘉因生物單細胞ATAC-seq 通過美國 10x Genomics 公司的 CSP 認證,成為全球第一家經過 10x Genomics 官方認證的 Chromium Single Cell ATAC Solution 服務商。

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作為國內較早開展 ATAC-seq 服務的團隊,嘉因生物于 2018 年 8 月 1 日宣布啟動“十萬樣本 ATAC-seq 計劃”,該計劃受到哈佛大學劉小樂教授、北京大學李程教授和同濟大學江賜忠教授的高度點評。點擊鏈接,查看此前報道)“十萬樣本 ATAC-seq 計劃”自開展以來,廣受好評,積累了豐富的 ATAC-seq 經驗。在此基礎上,嘉因生物于 2019 年進一步推出了單細胞 ATAC-seq 項目,并通過了 10x Genomics 的 CSP 認證,成為全球首個官方認可的 Chromium Single Cell ATAC Solution 服務商,也進一步表明了該公司在開展單細胞 ATAC-seq 服務上的實力。

  表 嘉因生物數據與10X官網數據的詳細對比

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單細胞 ATAC-seq 實現了單細胞染色質開放性的可視化,單細胞 RNA-seq 實現了單細胞基因表達水平的可視化,二者相結合可在轉錄水平和轉錄后水平全面了解基因調控網絡。為此,公司還推出單細胞 ATAC-seq 和單細胞 RNA-seq 聯合項目,進一步幫助研究人員從單細胞水平深入挖掘基因表達動態調控機制。

 

自 2019 年 3 月起,嘉因生物正式在全國范圍內開展了單細胞 ATAC-seq 和單細胞 RNA-seq 上門服務,樣本覆蓋了小鼠脾臟組織、小鼠肺臟 T 細胞、人肝癌及癌旁組織、人胎盤組織等等。目前下機的正式項目中,數據質量全部達標,歡迎各位研究人員前來咨詢探討!



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